A configuração dos grupos da Copa Sul-Americana foi estabelecida após o sorteio ocorrido na sede da CONMEBOL, situada em Luque, Paraguai, dia 03 de abril. O Fortaleza encontra-se em um dos agrupamentos mais desafiadores, com o Boca Juniors liderando como principal equipe do grupo, enfrentando obstáculos como a elevada altitude para jogar contra o Nacional Potosí da Bolívia e a equipe do Sportivo Trinidense do Paraguai. O Red Bull Bragantino encara igualmente uma senda espinhosa no Grupo H, que tem o Racing da Argentina na dianteira. O Cruzeiro figura no comando de um agrupamento tido como mais tranquilo, o Grupo B, ao passo que o Internacional de Porto Alegre precisará medir forças com adversários robustos, como Delfín do Equador e Belgrano da Argentina. O Athletico Paranaense verá no Danubio do Uruguai um oponente de peso, e o Corinthians surge no Grupo F, com competidores bem-equilibrados, a exemplo de Argentinos Juniors e Nacional do Paraguai. O Cuiabá está situado no Grupo G, que tem o Lanús da Argentina na liderança. Em cada agrupamento, somente uma equipe se classificará de maneira direta para a etapa subsequente. Haverá ainda um embate de playoff entre os segundos colocados dos grupos da Sul-Americana e os terceiros dos agrupamentos da Copa Libertadores. Os conglomerados foram arranjados da seguinte maneira:
Grupo A – Defensa y Justicia, Independiente Medellín, Universidad César Vallejo e Always Ready.
Grupo C – Internacional, Delfín, Belgrano e Real Tomayapo.
Grupo D – Boca Juniors, Fortaleza, Nacional Potosí e Sportivo Trinidad.
Grupo E – Athletico Paranaense, Danubio, Sportivo Ameliano e Rayo Zuliano.
Grupo F – Corinthians, Argentinos Juniors, Racing e Nacional.
Grupo G – Lanús, Metropolitanos, Cuiabá e Deportivo Garcilaso.
Grupo H – Racing Club, Coquimbo Unido, Sportivo Luqueño e Red Bull Bragantino.